En Juillet 2005, 15 projets ont répondu à l'appel d'offres et ont été soumis pour évaluation auprès de deux à quatre experts internationaux. Le Comité Scientifique du programme s'est réuni début septembre, chaque projet étant rerpésenté par deux rapporteurs qui s'appuient sur les expertises afin d'en évaluer la qualité scientifique. Le classement des projets transmis au comité de pilotage de l'ANR a débouché in fine sur la sélection de 10 projets : 6 projets finalisés et 4 projets génériques.