Les actions de recherche réalisées par l'IFCE sont menées en partie dans le cadre d'une convention avec l'INRA au sein de laquelle figurent les finalités de recherche sur l'élaboration et la maîtrise de la productivité et de la qualité des produits - avec notamment l'évaluation génétique nationale et internationale des reproducteurs et l'optimisation des programmes de sélection - l'élaboration et la maîtrise de la prerformance sportive - recherche de gènes d'intérêt et de QTL responsables de dysfonctionnement métaboliques, physiologiques ou pathologiques limitant le portentiel des individus,  lutte contre le dopage - et enfin la maîtrise de la santé équine.