Le Directoire est animé par un responsable scientifique désigné par l'INRA sur proposition du Comité d'Orientation Stratégique. Il a été dirigé par Claude Chevalet (INRA Toulouse) de 2002 à 2007. Philippe Monget (INRA Tours) est responsable scientifique du GIS depuis septembre 2007.

Le DO se réunit formellement au moins quatre fois par an. Selon l'ordre du jour, le Directoire peut inviter d'autres représentants des membres à ses réunions.