Les objectifs généraux du programme ont été dégagés dès 1999, puis ont été précisés au cours des années 2000 et 2001 pour aboutir à un programme de travail découpé en axes stratégiques.

La recherche publique et les professions de l'élevage ont constitué le 2 mai 2002 un groupement d’intérêt scientifique dénommé Agenae. A son origine, iIl réunit deux organismes de recherche publique, l'INRA et le CIRAD, d'une part, et les filières aquacole (CIPA - Comité Interprofessionnel des Produits de l'Aquaculture) et bovine (société Apis Gene), d'autre part. La filière porcine (association Bioporc) a rejoint le GIS en 2004 et la filière avicole (AgenAvi) en 2005. Un avenant à la convention de GIS a été signé pour confirmer ces nouvelles adhésions.

Fin 2007, les membres fondateurs dressent un bilan positif du travail accompli par le GIS. Pour valoriser les résultats obtenus et poursuivre les recherches, les partenaires d'Agenae ont donc souhaité renouveler leur convention de Groupement d'Intérêt Scientifique pour une période de 5 ans. Ils ont formalisé leur accord le 29 février 2008 en signant une nouvelle convention de GIS dénommée Agenae2.