AGENAE a fédéré pendant 5 ans des équipes de recherche et des partenaires professionnels pour construire et partager un savoir en génomique animale. Aujourd'hui, de nouveaux enjeux sont révélés par les avancées de la biologie intégrative et les outils qu'elle a générés.

L'élevage français, bien positionné sur un plan international, est confronté à une compétition intense. Il doit être très réactif pour faire face aux demandes changeantes des consommateurs et aux exigences réglementaires ; plus globalement, il doit répondre aux attentes de la société en matière de qualité et sécurité des aliments, de respect de l'environnement et du bien-être animal. Des avancées scientifiques majeures - notamment dans les domaines de la génomique, la protéomique, la métabolomique - ont ouvert des perspectives nouvelles pour accroître la maîtrise des grandes fonctions physiologiques, avec des incidences sur la production, la santé et le bien-être des animaux, ainsi que sur la qualité de leurs produits. A la fin des années 90, a un moment où la défection des soutiens européens à la recherche animale pouvait mettre en cause les positions de leaders acquises par les équipes françaises, l'INRA, le CIRAD et les structures professionnelles de l'élevage ont conçu un renforcement de leur partenariat en créant AGENAE.