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Analyse du GENome des Animaux d'Elevage

Agenae

Editorial

27 juin 2012

AGENAE fédère depuis 10 ans des équipes de recherche de l’INRA et du CIRAD, et des partenaires professionnels des différentes filières d’élevage APIS-GENE, BIOPORC, AGENAVI et le CIPA, pour construire, partager et diffuser des outils et un savoir en génomique animale, pour un élevage performant, de qualité, et durable.

En dix ans, plusieurs centaines de chercheurs et techniciens ont travaillé grâce aux soutiens financiers (environ 50 Millions d’euros hors salaires INRA) apportés par les membres fondateurs du GIS, le Ministère, l’ANR et l’EUROPE (graphe), et des collaborations plus ponctuelles avec des organismes étrangers (USDA). Le nombre de publications scientifiques, en constante augmentation depuis le démarrage du programme, a atteint la cinquantaine en 2011. Des résultats marquants ont été obtenus en particulier en sélection génomique des bovins laitiers, dans l’identification de mutations causales de caractères simples, de QTLs de différentes fonctions, de marqueurs de qualité, allant parfois jusqu’à des dépôts de brevets ou dans le séquençage et l’annotation phylogénétique de différentes espèces de poissons. Ceci a conduit à révolutionner l’amélioration génétique et la diffusion du progrès génétique dans le règne animal.

Aujourd'hui, de nouveaux défis doivent être relevés, dont celui de la génomique fonctionnelle, qui regroupe entre autres le phénotypage aussi exhaustif et raffiné que possible et l’épigénétique. La nutrigénomique également représente un enjeu majeur pour les prochaines années, en particulier à travers la connaissance du métagénome des microbiotes intestinaux de nos espèces d’élevage, et ses conséquences sur l’efficacité alimentaire, la diminution de l’usage d’antibiotiques dans l’alimentation animale ainsi que celle des rejets d’effluents et de gaz à effet de serre.